Antes do início da série, o vilão Doutor Destino está em busca de uma dominação universal, e tenta adquirir o poder ilimitado da “Espada do Infinito”. Porém, numa batalha contra o Homem de Ferro, a espada se parte em mil pedacinhos, e esses chovem na cidade Super Herói. Então, o Doutor Destino forjou alianças com quase todos os supervilões de Villainville, que formam a Legião Letal, a fim de caçar os os pedacinhos da espada do infinito. Mas então, forma-se o grupo de super heróis Esquadrão de Heróis, consistindo de Homem de Ferro, Falcão, Hulk, Surfista Prateado, Thor e Wolverine. Dai então começa um novo desafio para o esquadrão de Super herois!!
O Doutor Destino manda o Toupeira e seus monstros à cidade atrás de outro fractal. O Esquadrão de Heróis luta contra eles, mas o Toupeira incorpora o fractal em sua vara, resultando em poderes de supervelocidade.
Wolverine é designado para treinar Réptil, que se decepciona pelo esquadrão não deixá-lo lutar. Mas eles mudam de ideia quando o Doutor Destino envia o Abominável e a Gangue da Demolição para pegarem mais um fractal.
O Esquadrão fica frustrado quando o Surfista Prateado não entende os costumes da terra; Doutor Destino envia o Abominável e Modok para capturarem o Surfista Prateado, a fim de sugarem sua energia cósmica.
Durante uma batalha caótica com Klaw & Screaming Mimi, o poder cósmico de um fractal transforma o Hulk no Hulk Cinzento.
Com a estranheza sobrenatural que assola a cidade, o Esquadrão de Super Heróis pede a ajuda da dimensão Sorcerer Supreme of the Earth, Doutor Estranho. No entanto, o bom doutor parece estar “fora de seu roqueiro”, balbuciando incoerentemente e convocando o Dread Dormammu para Super Hero City.
Uma garota de três anos possui uma tiara com Fractal que lhe dá super força. O Esquadrão de Heróis e a Legião Letal se unem para tirar o Fractal dela e encontrar seu pai.
Loki convence o Doutor Destino a expulsar vilões da sua legião e contratar os Três Guerreiros; Sif pede a ajuda a Thor para combater a nova Legião do Mal; Homem de Ferro, Hulk e Surfista Prateado tentam roubar os Fractais do Doutor Destino.
Um novo vilão chamado Escorpião aparece na cidade dos super-heróis. Nicky Fury se disfarça de vilão para se infiltrar na sede de Doom e impedir que o Dr. Destino use um fractal para controlar um buraco negro.
Quando se presume que Falcon é a causa da queda do Helicarrier, o The Squad é forçado a se mudar. Enquanto isso, Enchantress e M.O.D.O.K. planeja atacar a cidade de super-heróis enquanto o pelotão está cansado de se mover de um lugar para outro.
Doutror Destino e o Cabeça de Ovo tentam roubar Fractais ficando em tamanho microscópico para invadir a fortaleza do Esquadrão. Os heróis pedem ajuda ao Homem Formiga para enfrentar esse novo desafio.
Wolverine abandona o Esquadrão de Heróis e se torna o Capitão Canadá, indo para a Amazônia lutar junto ao seu novo grupo de heróis; o resto do esquadrão luta contra o Mestre do Picadeiro.
Thanos e o Doutor Destino formam uma aliança para a obtenção de um artefato específico do Edifício Baxter, que é defendido pelo Falcão e H.O.R.S.E durante as férias de outros heróis.
A Viúva Negra se junta ao Esquadrão de Heróis e mostra o que pode fazer. Na verdade ela é Mística, disfarçada, enviada pelo Doutor Destino para roubar os Fractais do Esquadrão de Heróis.
Após comer um Fractal, Modok conspira para derrubar o Doutor Destino e tomar seu lugar como líder da Legião do Mal. O Esquadrão de Heróis e Tempestade pedem ajuda ao Pantera Negra para combater o vilão.
Encantor planeja tirar Thor do caminho para tomar seu lugar; Miss Marvel se apaixona por Modok, fazendo com que a S.H.I.E.L.D contrate a Valquíria para impedir Modok de levar Miss Marvel para o lado do mal, fazendo a heroína voltar ao normal.
Quando o Barão Mordo possui o Homem de Ferro transformando-o na Ameaça de Ferro e escapa da Dimensão das Trevas, ele planeja assumir a Super Hero City e Villainville. Quando Wolverine, Falcon e Redwing acabam sob o controle do Barão Mordo / Iron Man, Hulk, Silver Surfer e Thor devem se juntar a Doctor Strange e Valkyrie para formar uma equipe de Defensores e parar o plano maligno do Barão Mordo. Doctor Doom e MODOK relutantemente os ajudam quando Iron Menace assume o controle de Abomination.
James Rhodes, junto ao Homem de Ferro, trava uma batalha contra o Doutor Destino; Wolverine e Réptil derrotam o Abominável e Modok quando eles disputam um jogo de golfe.
Quando um smilodon é trazido para a Cidade dos Super Heróis a partir da Terra Selvagem, um misterioso lorde da selva chamado Ka-Zar aparece afirmando que o smilodon é na verdade seu companheiro Zabu. Quando o Esquadrão de Super Heróis encontra Ka-Zar, eles aprendem sobre sua missão e ajudam-no a resgatar Zabu. Enquanto isso, Doctor Doom vê o Quartzo Estrela (que liga e funde qualquer metal na presença de Vibrânio) em volta do pescoço de Zabu e envia Sapo, Trovão, Dentes de Sabre e Batroc, o Saltador, para roubar Zabu em uma conspiração para reforjar a Espada do Infinito.
O Capitão América envia Wolverine de volta à Academia de Charles Xavier, a fim de obter o seu diploma e terminar seus créditos remanescentes. Réptil se infiltra lá para entender como é o treinamento dos X-Men.
O Cabeça de Ovo faz uma lavagem cerebral nos habitantes da cidade e consegue se eleger prefeito. Seu governo se torna um pesadelo para todos e o Esquadrão de Heróis se une aos vilões para tirá-lo do poder.
Magneto está na cidade com seus filhos Mercúrio e Feiticeira Escarlate, para ajudá-lo em uma sinistra conspiração para roubar Fractais para o Doutor Destino. Falcão desenvolve uma paixão pela Feiticeira Escarlate depois que ela cura seu pássaro.
O Doutor Destino envia sua Equipe Tóxica para o Polo Norte para construir uma máquina para derreter a calota polar. O Esquadrão pede a ajuda do Homem de Gelo para impedir os vilões.
É o aniversário do Capitão América e tudo que ele quer fazer é comemorar com seus amigos. O Doutor Destino manda um presente amargo para o Capitão, seu velho inimigo Caveira Vermelha.
O Doutor Destino derrota e conquista o místico mundo do Chthon, a fim de libertar a sua mãe; Chthon pede ajuda ao Esquadrão de Heróis e do Doutor Estranho e, juntos, mandam a mãe do Doutor Destino de volta ao mundo místico.
O passado de Surfista Prateado como o arauto de Galactus é revelado quando ele encontra outro arauto, Stardust. Mas Doctor Doom tem planos para Stardust e seu grande chefe.
Galactus coloca o destino do planeta em jogo e a situação piora quando todos os heróis da cidade ficam impotentes. O Esquadrão de Heróis e o Doutor Destino juntam todos os Fractais e refazem a Espada do Infinito, a fim de derrotar Galactus.
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